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Mais il doit surtout gérer la fronde de l'opposition à la Diète concernant la réforme des retraites préparée par le gouvernement, ainsi que le scandale touchant justement au même moment les retraites de plusieurs personnalités politiques de la majorité. Ceci, couplé à l'impopulaire participation du Japon à des missions de reconstruction dans la coalition militaire en Irak, rend pour la première fois depuis l'arrivée de Jun'ichirō Koizumi en 2001 le PLD impopulaire, et lui fait essuyer une assez importante défaite lors du renouvellement de la moitié de la Chambre des conseillers du 11 juillet 2004 (si le parti conserve la majorité au sein de la chambre haute grâce à ses alliés du Kōmeitō et à la bonne performance réalisée lors du précédent scrutin en 2001, il est alors devancé en voix et en siège par le Parti démocrate du Japon, principale force d'opposition). S'étant personnellement investi dans la campagne, en se fixant pour objectif de gagner 51 sièges pour finalement devoir ne se contenter que de 49, Shinzō Abe décide d'assumer la responsabilité de cet échec et annonce sa volonté de démissionner de son poste de secrétaire général du PLD. Jun'ichirō Koizumi la refuse pendant un temps, avant de finalement l'accepter le 27 septembre 2004. Il est remplacé par l'ancien ministre de l'Agriculture du premier gouvernement de Koizumi, Tsukomu Takebe, mais reste néanmoins au sein de la direction en tant que secrétaire général adjoint et président de l'Unité de promotion de la réforme.
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==== Secrétaire général du Cabinet ==== La 31 octobre 2005, lors de la constitution du troisième et dernier gouvernement de Jun'ichirō Koizumi, Shinzō Abe est nommé secrétaire général du Cabinet, prenant la succession à ce poste de Hiroyuki Hosoda. Par ses fonctions, il est l'un des porte-paroles du gouvernement et doit gérer la coordination des différents services gouvernementaux. Après sa nomination perçue comme la promotion d'un fidèle, Abe devient l'un des favoris pour la succession de Koizumi au Kantei pour laquelle il déclare officiellement sa candidature le 1er septembre 2006. Le 20 septembre 2006, il est, sans surprise, largement élu président du Parti libéral-démocrate en recueillant 464 voix sur 703, soit 267 parlementaires et 187 délégués, loin devant les deux autres candidats, Tarō Asō (136 voix) et Sadakazu Tanigaki (102 voix). Le soutien des deux puissantes factions que sont le Seiwakai, proche de l'ancien Premier ministre Yoshirō Mori et à laquelle appartient Shinzō Abe, et du Heiseikai, faction de l'ancien Premier ministre Ryūtarō Hashimoto a été déterminant dans le choix des grands électeurs du PLD, tout comme ses convictions nationalistes proches des « faucons » en matière de politique étrangère ont pu favoriser sa désignation à la tête du parti au pouvoir. Six jours plus tard, Shinzō Abe est logiquement élu Premier ministre du Japon par 339 voix sur 475 à la Chambre des représentants ; il est en revanche élu à la Chambre des conseillers par une majorité bien plus rétrécie.
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==== Premier mandat ==== Considéré comme le grand favori face à Sadakazu Tanigaki et Tarō Asō, il est élu le 20 septembre 2006 à la tête du PLD avec 464 voix sur 703. En conséquence, il succéde le 26 septembre à Jun'ichirō Koizumi au Kantei. Il devient le deuxième Premier ministre le plus jeune de l'histoire du pays après Fumimaro Konoe ainsi que l'un des plus nationalistes, bénéficiant d'une opinion publique très positive. Mais, moins d'un an plus tard, cette popularité s'est effondrée (moins de 30 % de la population japonaise soutient ses actions) et Abe annonce son intention de démissionner du poste de Premier ministre le 12 septembre 2007. Parmi les raisons de cette impopularité, Abe s'est entouré principalement de ministres issus de sa « coterie personnelle », cinq d'entre eux ont dû démissionner pour malversations et l'un s'est suicidé. Il a délaissé la question du dysfonctionnement du système des retraites qui menace des millions de Japonais pour privilégier d'autres points de son programme et est confronté à l'échec du PLD lors du renouvellement de la moitié de la Chambre des conseillers de juillet et à l'impossibilité de prolonger une loi antiterroriste qui autorisait la force navale japonaise à ravitailler les navires militaires des États-Unis opérant en Afghanistan. Abe quitte la présidence du Parti libéral-démocrate. Le lendemain de son annonce, Abe est admis dans un hôpital de Tokyo. Il démissionne le 25 septembre 2007.
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===== De la traversée du désert au retour politique ===== Après sa démission, ses principales préoccupations étaient sa santé et de rester vivant politiquement. Pour retrouver toute sa force, Abe tente des compléments alimentaires et même des randonnées. Abe recouvre la santé juste à temps pour se battre pour sa carrière politique. Il décide alors de se représenter dans le district qu'il représentait depuis 1993 à Yamaguchi ; il est également déterminé à quitter la vie politique si jamais il échoue à se faire réélire dans son district. Abe avait déclaré dans un entretien pour Suenobu diffusé par BS Asahi qu'à l'époque, les gens considéraient sa carrière politique comme presque terminée. Pour Abe, il s'agit de repartir à zéro. Afin de s'assurer une large victoire à Yamaguchi en vue des élections à la chambre basse en 2009, il s'y rend pratiquement tous les weekends, passe ses matinées avec les personnes âgées, parle à des classes de l'école primaire ; il se rend également aux cérémonies d'inauguration et aux tournois de karaté. Tsuyoshi Hatamura, un conseiller de Abe, a expliqué que ce dernier voulait rencontrer les habitants du district et leur parler, et ce bien qu'il eût dans ce district une quasi-certitude d'être réélu du fait du prestige de sa famille. Finalement, il est réélu en 2009 avec 64 % des suffrages. Nobuo Kishi, son frère cadet, a expliqué que grâce à cette victoire écrasante, Abe a pu retrouver une forte volonté.
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